二氧化碳培养箱有两种类型的加热结构可供选择——水套式加热和气套式加热，这两种加热系统都是十分有效的,但是也是有各自的优点和缺点。
水套式是通过一个独立的热水间包围内部的箱体来维持温度恒定的。热水通过自然对流在箱体内循环流动,热量通过辐射传递到箱体内部从而保持了温度的恒定。水套式最大的优势在于水，水是一种很好的绝热物质,当遇到断电的时候,水套式就能更稳定的保持培养箱内的温度（据统计，维持温度恒定的时间是气套式的4-5倍）。如果您的实验环境不太稳定（如有用电限制,或者经常停电）并需要保持长时间稳定的培养条件,水套式二氧化碳培养箱就是*选择。
气套式是通过箱内的加热器直接对箱内气体进行加热的，在箱门频繁开关所引起的温度改变下能够迅速恢复箱体内的温度稳定。气套式最大的优势在于加热快,在需要频繁打开箱体门的情况下气套式温度的恢复比水套式更迅速,十分利于短期培养以及需要箱门频繁开关的实验。气套式还有一大优势在于简易，水套式需要定期对水箱加水、清理，需要监控水箱运作的情况，而气套式更简单化。在使用气套式培养箱时,需要注意的是还应该有一个风扇，以保证箱内空气的流通和循环。